חובת ניכוי מס במקור מתשלומים בעד שירותים/נכסים משמשת כלי חשוב בידי רשות המיסים, אך ישנם לא מעט עסקים שאינם מכירים את החובה על בוריה ולכן אינם מקיימים אותה או לחילופין מקיימים את חובת הניכוי שלא לצורך. במטרה להנגיש את חובת הניכוי לכלל העוסקים, להלן עיקר חובת הניכוי (הסכומים להלן נכונים לשנת 2016)
צו מס הכנסה (קביעת תשלומים בעד שירותים או נכסים כהכנסה) קובע את החובה לנכות מס במקור מתשלומים בעד שירותים או נכסים.
מס הכנסה בישראל רואה בניכוי מס במקור כאמצעי להבטחת גביית המס ותשלומו בסמוך למועד התקבול וככלי קשר ואכיפה של פקיד השומה אל מול הנישום. למעשה, ניכוי מס במקור הנו מקדמת מס.
החובה לנכות מס במקור משירותים או מנכסים חלה על כל מי שמחזור עסקיו עלה על סך של 5.3 מש"ח (כולל מע"מ) ו/או על כל מי שחייב בניהול חשבונות בשיטה הכפולה בין שהוא יחיד או חברה.
סייג – למרות הנ"ל, לא תחול חובת ניכוי במקור במקרה שבכל אחת משלוש שנות המס שקדמו לשנת המס שלפני שנת המס שבה משתלם התשלום, לא עלה המחזור על סכום של 5.3 מש"ח (כולל מע"מ) ולא הייתה קיימת חובת ניהול מערכת חשבונות כפולה – ההגדרה קצת מסורבלת ולכן נבאר זאת על ידי דוגמא: בשנת 2017 לא ננכה במקור אם בשנים 2013, 2014 ו-2015 לא עלה המחזור על סכום של 5.3 מש"ח (כולל מע"מ) ולא הייתה קיימת חובת ניהול מערכת חשבונות כפולה.
בנוסף, יש לשים לב לנקודות הבאות:
- חברות אם ובת – במקרה של חברות אם ובת הבחינה הינה על פי הכללים לעיל, אך יש לבדוק את חברת האם יחד עם כל חברות הבת שלה ואת חברת הבת יחד עם חברת האם שלה (אם מחזורה של חברת הבת נמוך מ-1,040,000 ₪ היא פטורה ללא קשר לחברת האם).
- שותפות – שותפות מחויבת במקרה שאחד או יותר מהשותפים בה הוא חבר-בני-אדם החייב בניכוי במקור לפי צו זה.
- מוסד ציבורי על פי הגדרתו בסעיף 9(2) לפקודה – הסייג לעיל נכון למוסד ציבורי אם מחזורו לא עלה על סך של 3.3 מש"ח ללא קשר לחבות בניהול מערכת חשבונות כפולה אלא אם כן העסיק בכל אחת משנות המס כאמור, למעלה מ- 10 מועסקים.
- אין החובה חלה על תשלומים בעד נכס או שירות ששוויים אינו עולה על הסכום של 4,920 ₪ – פרשנות רשות המסים לסעיף היא כי בגין עסקאות חד פעמיות בסכום הנ"ל לא קיימת חובת ניכוי במקור.
- ניכוי המס הינו מכל סכום התשלום לרבות מע"מ ואף חל בתשלומי שווה כסף ולאו דווקא מזומן. מקרים אשר שולם התשלום בשיקים דחויים, ינוכה המס במועד מסירת ההמחאה.
- במקרים רבים, נותני השירות או מוכרי הנכסים נהנים מפטור מלא או חלקי מניכוי מס במקור. באחריות המשלם לבחון את שיעור הניכוי הספציפי החל על הנישום ואת תוקפו, ולנכות בהתאם.
- במידה והעוסק לא ניכה מס במקור לספק/לנותן השירות, יתכן מצב שבו מס הכנסה ידרוש מהחברה לשלם את המס שלא נוכה בצירוף ריביות וקנסות, או יתכן כי ההוצאה ששולמה לאותו ספק לא תותר כלל בניכוי.
מס הכנסה לא נוהג לתת פטור מלא מניכוי במקור לעסק חדש (לאחר מספר חודשי פעילות אפשר לפנות למס הכנסה בבקשה לקבלת פטור מלא מניכוי במקור) ובהוראת ביצוע מס הכנסה מס' 2/2009 ניתן למצוא סוגי נישומים שאינם זכאים לפטור מלא ואת רשימת הליקויים המונעים קבלת פטור כאמור (ליקויים במס הכנסה, מע"מ, ניכויים וכו').